幕末の日本、人斬り抜刀斎として恐れられた緋村剣心は、明治維新後、「不殺」の誓いを立て、流浪人として日本中を旅していた。

彼の過去と現在が交錯する中、新しい時代の中での生き方や贖罪の答えを模索する。

神谷薫や明神心弥、相楽左之助などの仲間たちとともに、様々な敵や困難に立ち向かいながら、剣心は自らの過去の罪と向き合い、新しい時代に生きる意味を見つけようとする。